In ein musikalisches Elternhaus in Freiburg hineingeboren, spielte Johannes Nauber schon 18-jährig im Sinfonieorchester des Südwestfunks unter Dirigenten wie Bernard Haitink und Ernest Bour. Seine Ausbildung erhielt er bei Atis Teichmanis und Christoph Henkel in Freiburg sowie bei Wolfgang Boettcher in Berlin, dessen Assistent er war. Während seines Freiburger Studiums konzertierte Johannes Nauber mit Aurèle Nicolet und arbeitete unter anderem mit Heinz Holliger, Luciano Berio und Cathy Berberian. Eine langjährige Tätigkeit bei den Berliner Philharmonikern und vor allem deren „12 Cellisten“ schloss sich an.
Solokonzerte gab er in Italien, Kroatien, Japan, Südamerika und New York. Er coachte das World Youth Orchestra sowie das Europeans Union Youth Orchestra. Seit 1982 ist er Mitglied des Gürzenich-Orchesters Köln.
